Si narra che l’apostolo Pietro, di ritorno dall’Africa e diretto a Roma, avrebbe sostato nell’isola a causa di una tempesta: da qui l’attuale suo nome di Isola di San Pietro.
Nel 1738 fu colonizzata dagli abitanti di Tabarka, un’isola tunisina, colonia ligure che allo scopo di sfruttare i ricchi banchi di corallo l’avevano popolata con pescatori.
A causa dell’impoverimento dei banchi di corallo, della limitata estensione dell’isola, che non era più in grado di soddisfare le esigenze di una popolazione cresciuta notevolmente, venne abbandonata.
Conosciuta l’intenzione del Re di Sardegna Carlo Emanuele III, di voler procedere alla ripopolazione della Sardegna ne approfittarono per lasciare definitivamente Tabarka e stabilirsi nell’isola di San Pietro ove si dedicarono alla pesca del corallo, del tonno ed alla produzione di sale.
Nel 1793 l’isola fu occupata dai francesi che la rinominarono “L’isola della libertà” . L’occupazione fu comunque di breve durata e non apportò modifiche
Molto più dura fu invece, nel 1798, l’incursione barbaresca: circa 500 corsari capeggiati dal rais Mohamed Rumeli misero a ferro e fuoco Carloforte,
Queste occupazioni indussero i Carlofortini a costruire le mura di cinta intercalate
da una serie di fortini. Purtroppo oggi delle vecchie mura è rimasta solo il lato ovest, interrotto tra l’altro dalla costruzione delle scuole elementari
Nella seconda metà dell’ottocento Carloforte visse il periodo di maggior benessere, grazie al trasporto di minerali estratti dai ricchi giacimenti situati sulla costa vicina. Infatti mancando in questi luoghi dei veri e propri porti, Carloforte divenne punto d’appoggio e porto d’imbarco del minerale. Incominciava la gloriosa, per quanto umile, epoca dei “Battellieri”. Schiavi di ritmi di lavoro disumani, uomini dalla tempra d’acciaio nonché validissimi marinai, che provvedevano alle operazioni di carico e scarico portando sulle spalle le “coffette” di minerale.
A questa stagione seguì un periodo particolarmente significativo, quello della costituzione di leghe e sindacati, come quella dei “Battellieri”, dei “Galanzieri” e quella dei “Lavoratori del mare”: le prime associazioni di lavoratori in Sardegna
e tra le prime in Italia.
In seguito alla crisi delle miniere che colpì tutto il bacino del sulcis-iglesiente e del guspinese, i carlofortini tornarono alle antiche attività come la pesca, le saline e soprattutto la navigazione.Ai giorni nostri lo sviluppo economico dell’isola è legato principalmente al turismo.